Kesin Fungus Tu?r Tayini İçin Multilokus Dizi Analizi (MLSA) Tabanlı Bir Yöntem Geliştirilmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorŞen, Burhan
dc.contributor.authorKolukırık, Mustafa
dc.contributor.authorAsan, Ahmet
dc.date.accessioned2024-06-12T10:13:22Z
dc.date.available2024-06-12T10:13:22Z
dc.date.issued2018
dc.departmentTrakya Üniversitesien_US
dc.description1.05.2018 00:00en_US
dc.description.abstractFenotipik analizlerin morfolojik özellikleri incelenen tu?re bağlı standart olmayan farklılıklar gösterebilmesi ve internal transkrpite sekans (ITS) bölgelerinin birçok durumda yakın tu?rlerin ayrımının yapılabileceği nu?kleotid farklılıklarını içermemesi nedenleriyle, multilokus dizi analizi (MLSA) gibi yöntemlerle birden fazla DNA lokusunun hedeflenmesi, fungide kesin tu?r tayini için daha uygun bir yaklaşım olarak ortaya çıkmıştır. Bakteriyel sistematikte çok sık kullanılan MLSA fungal sistematikte az sayıda tu?ru?n sınıflandırılmasında kullanılmıştır. Bu proje ile ekolojik açıdan önemli fungus tu?rlerinin çoklu lokus bilgilerini içeren referans nitelikli bir Fungal MLSA veri tabanı oluşturulmuş ve tu?r spesifik çoklu lokus dizilimlerine dayalı tu?r tahminini yapabilecek bir yazılım geliştirilmiştir. Bu kapsamda Alternaria (14), Aspergillus (42), Chaetomium (1), Cladosporium (14), Eurotium (6), Fusarium (31), Graphiopsis (2), Microascus (2), Mucor (8), Neosartorya (2), Paecilomyces (2), Penicillium (77), Petromyces (2), Phoma (1), Rhizopus (4), Scopulariopsis (6), Stachybotrys (2), Talaromyces (12), Trichoderma (6), Trichotecium (2), Wallemia (2) cinslerine ait 124 farklı tu?r, 238 adet fungal suşa ait DNA dizileri elde edilmiştir. Elde edilen dizilerler, sadece ITS ve ITS’ye ek olarak sırasıyla calmodulin (2 gen), EF1-? (3 gen), ?- Tubulin (4 gen), RPB2 (5 gen), RPB1 (6 gen) ve IGS (7 gen) hedefli MLSA alternatifleri değerlendirilmiştir. ITS hedefli yaklaşımla 124 tu?ru?n 62si kesin olarak ayırt edilememiş, 2 gen hedef ile 56, 3 gen hedef ile 27, 4-7 gen hedef ile 22 tu?r kesin olarak ayırt edilememiştir. 5-7 gen hedefli MLSA ekstra bir çözu?nu?rlu?k sağlamadığı için, MLSA veri tabanın 4 gen hedefli olmasına karar verilmiştir. Ayırt edilemeyen tu?rlerden Alternaria tenuissima, A. longipes, A. alternata, Cladosporium variabile, C. macrocarpum ve Mucor racemosus, M. circinelloides için aktin geni, Aspergillus tubingensis, A. niger, Aspergillus parasiticus, A. oryzae, Fusarium tricinctum, F. acuminatum, Penicillium aurantiogriseum, P. commune, P. expansum, P. freii, P. sclerotigenum, P. solitum, P. verrucosum ve Penicillium hordei, P. crustosum, P. italicum, P. nordicum için phosphoglycerate kinase (PGK) geni, Penicillium carneum, P. discolor, P. echinulatum için ise cytochrome oxidase subunit 1 (COI) geninin ekstra dizilenmesi ile kesin tu?r ayırımının gerçekleştirilebildiği belirlenmiştir. Morfolojik ve ITS tanımlaması ile taksonomisi belirlenen 200 farklı saha izolatı, proje kapsamında geliştirilen yöntem ile MLSA analizine tabi tutulmuştur. Morfolojik ve ITS tanımlamasının cins du?zeyinde sınıflandırabildiği 64 suşun tu?ru?, MLSA veri tabanı yardımıyla kesin olarak tespit edilebilmiştir. Projenin kapsamında önerilen deneysel yaklaşım kullanılarak yapılacak yeni çalışmalar, proje kapsamı dışındaki fungal tu?rlere ait bilgiler elde edilmesini mu?mku?n kılacaktır. Bu yeni bilgilerle genişleyecek olan veritabanı zamanla evrensel bir nitelik kazanabilecektir.en_US
dc.identifier.endpage82en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.trdizinid619535en_US]
dc.identifier.urihttps://search.trdizin.gov.tr/yayin/detay/619535
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.14551/13949
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.language.isotren_US
dc.relation.publicationcategoryProjeen_US
dc.relation.tubitakinfo:eu-repo/grantAgreement/TUBITAK/KBAG/214Z008en_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.titleKesin Fungus Tu?r Tayini İçin Multilokus Dizi Analizi (MLSA) Tabanlı Bir Yöntem Geliştirilmesien_US
dc.typeProjecten_US

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu