Saf Kültür Olarak Stoklanmış Bazı Mikrofungusların ITS, Betatubulin ve Aktin Gen Dizilerine Göre Moleküler Tanısı
Küçük Resim Yok
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada, Trakya Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Mikrobiyoloji laboratuvarında saf kültür olarak stoklanmış bununla beraber; cins veya tür düzeyinde morfolojik olarak teşhis edilemeyen bazı mikrofunguslar moleküler olarak tanımlanmıştır. Çalışmada kullanılan mikrofunguslar daha önce tür düzeyinde morfolojik olarak tanımlanamamış izolatlardan oluşmuştur. Örnekler, MEA besiyerine ekilip 25ºC’de 7 gün inkübe edilmiştir. Besiyerinden alınan örnekler, analiz yapılana kadar -20ºC’de saklanmıştır. DNA izolasyonu için funguslara özel, kimyasal (SDS ve CTAB), biyokimyasal (proteinazK vb.) ve fiziksel (0.1 mm çaplı boncuklar) parçalama yöntemlerini bir arada kullanan DNA izolasyon kitleri kullanılmıştır. Çeşitlilik çalışmaları, PCR tabanlı fungal çeşitlilik çalışma kitleri ile yapılmıştır. Tüm izolatlar için ITS gen dizisi kullanılmış, cinse bağlı olarak ?-tubulin ve Actin gen dizilimlerini hedeflenmiştir. PCR ile çoğaltılan DNA dizilimleri “Sanger Sequencing Yöntemi” ile dizilenmiştir. Elde edilen dizilerin hangi organizmalara ait olduğu NCBI ve EBI gibi uluslararası nükleik asit data bankalarında mevcut dizilimlerle, elde edilen filotiplerin dizilimleri karşılaştırılarak belirlenmiştir. Toplam 61 mikrofungus örneği, cins düzeyinde 3 gruba (A,B,C) ayrılmış olup, gruplara göre ilgili gen bölgeleri moleküler teşhis için analiz edilmiştir. 3 grup için hem ilgili gen bölgeleri hem de ITS bölgeleri baz alınarak yapılan moleküler analizler sonucunda, 6 örneğin tür teşhisi yapılamamış, 56 tür moleküler düzeyde teşhis edilmiştir
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
MANTAR DERGİSİ
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
9
Sayı
1
