Yazar "Türker, Nebiye Pelin" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 3 / 3
  • Küçük Resim
    Öğe
    Deneysel meme tümörü modeline bağlı gelişen karaciğer metastazında gliko-gen ifadelerinin ve glikoprotein yapılarının belirlenmesi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
    (Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2023) Türker, Nebiye Pelin; Bakar, Elvan
    Meme kanseri, ABD'deki tüm yeni kanser vakalarının %29'unu oluşturan ve kadınlar arasında yaygın görülen kanserdir. İnvazif meme kanserinin vücuttaki diğer organlara metastaz yapması muhtemeldir. Glikanlar, proliferasyon, invazyon ve metastaz dahil olmak üzere tümör progresyonunun farklı yönlerini düzenleyebilirler. Meme kanseri ve birçok kanser türünde glikozilasyon modellerinde değişiklikler gözlenmiştir. Glikoproteinler ayrıca hastalık tespiti için biyobelirteçleri keşfetmek için ideal bir kaynak sağlamıştır. İnsan proteinlerinin %50'den fazlasının, proteinlerin işlevselliğini modüle etmek için glikozile olduğuna inanılmaktadır. Onaylanmış kanser biyobelirteçlerinin çoğu, glikoprotein yapısındadır ve bu proteinlerin sayıları çok fazla değildir. Glikoproteinlerin etkili kalitatif ve kantitatif değerlendirmesi, zenginleştirme yöntemlerini gerektirmektedir. Bu bilgiler ışığında, bu tezde Ehrlic asit ile oluşturulmuş karaciğer metastazı meme tümörü modelinde glikozilasyon ilişkili enzimlerin ekspresyon düzeyleri qRT-PCR array yöntemi ile araştırılmış ve istatistik olarak değerlendirmeleri yapılmıştır. Ayrıca kontrol ve tümör gruplarında, LC-QTOF/MS cihazı ile proteomiks çalışmaları yapılarak, biyobelirteç potansiyelleri araştırılmıştır. Işık mikroskobik incelemede; Hematoksilen-Eozin ile boyanmış kontrol ve deney grubuna ait karaciğer dokularında rutin ışık mikroskobu preparatlarında yapılan incelemelerde deney grubunda histopatolojik bulgulara rastlanmıştır. Fibrotik doku oluşumları, karaciğer hücre kordonlarında bozulma, sinüzoidal alanlarda genişleme, endotel hasarı, hepatosit ve nükleus membranlarında dejenerasyon gözlenmiştir. Hücre sınırlarının belirgin olmadığı ve hücre çekirdekleri arasında şekil/büyüklük açısından farklılıklar olduğu gözlenmiş olup hipertrofik hepatositlere rastlanmıştır. Ayrıca piknotik nükleuslar hemoralji ve nekrotik doku alanları tespit edilmiştir. Deneysel oluşturulmuş karaciğer metaztazı meme tümörü ve sağlıklı hayvanlara ait karaciğer dokularında; 192 adet gliko-genin ekspresyon analizi qRT-PCR ile gerçekleştirilmiştir. Analiz sonucunda elde etmiş olduğumuz relatif kat değişimlerini T testi yaparak istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. T testi sonucunda kontrol ve deney grubunda; 32 adet gliko-genin anlamlı farklılık gösterdiği belirlenmiştir. Glikoproteomiks sonuçlarında ise; LCQTOF/MS cihazından elde edilen veriler, SearchGUi yazılımına yüklenmiş ve uygun kütüphaneler seçilerek proteinlerin tanımlanması yapılmıştır. Elde edilen sonuçlar PeptideShaker yazılımı ile gösterilmiştir. Toplam 14 adet glikoprotein deney ve kontrol grubunda farklı bulunmuştur. Kontrol grubunda: Alfa-2-HS-glikoprotein, Fosfogliserat mutaz 1 ve Alfa endolaz. Deney grubunda: Beta 1,3 glikoziltransferaz, Nasetilgalaktozaminiltransferaz-7, Glikoprotein endo-alfa-1,2-mannosidaz, Glikoziltransferaz 1 alan içeren protein 1, Polipeptit N-asetilgalaktozaminiltransferaz 2, Sfingomyelin fosfodiesteraz, Bifonksiyonel UDP-N-Asetilglukozamin 2-epimeraz/Nasetilmannosamin kinaz, Regukalsin, ADP/ATP translokaz 1, Sıralama nexin-9 ve Protein RFT1 homologu proteinleri saptanmıştır. Gen ekspresyonu ve proteomiks çalışmaları sonucunda 5 adet biyobelirteç adayı glikoprotein tespit edilmiştir. Bunlar; B3GLCT-1, MANEA, GNE, GALNTL2, RFT-1 proteinleridir. Bu proteinler; glikolizasyon, metastaz proliferasyon gibi biyolojik süreçlerde yer almaktadırlar. Sonuç olarak; elde ettiğimiz sonuçlar, metastazı etkileyen ve dolayısıyla potansiyel terapötik hedefleri temsil edebilen glikozilasyon değişimleri hakkında yeni bilgiler sunmaktadır. Deneysel meme tümörüne bağlı gelişen metastatik karaciğer dokusunda belirlenen glikan profilleri, glikanların biyolojik rollerinin aydınlatılmasına katkı sağlayacak olup bu yapıların biyobelirteç potansiyeli olan proteinlerin, teropatik çalışmaların yapılacağı araştırmalara önemli veri sunacağı düşülmektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Evaluating Combined Effect of Naringin and Salicylic Acid on Colon Cancer Cell Culture
    (Trakya Üniversitesi, 2017) Gökçe, Kübra; İşkan, Nur Gülce; Türker, Nebiye Pelin; Kaşit, Maide
    Aims: Colorectal cancer is the 3rd most common cancer in the world. It affects more than a million people and causes the death of half million people annually. Flavonoids are natural products belonging to plantae and some fungal organisms that recently have started to be popular for cancer research for its strong antioxidant, anticarcinogen and anti-tumor properties. Naringin is a special chemical compound of flavonoid groups in grapefruit and useful for its antioxidant and immunostimulatory properties. Salicylic acid is a stress-specific hormone that also has an anti-tumor effects on colorectal cancer. In this study, it is aimed to evaluate the effect of naringin, salicylic acid and their combination on colon cancer cells via gene expression profiles of apoptosis genes and anti-proliferative properties. Methods: HT29 colon cell culture was incubated in 37 C and 5% CO2. Salicylic acid, naringin and their combinations were applied seperetaly on 80% confluent cells in 11 different doses starting with 800 µM and going half of the previous. MTT survival test was performed at 24th and 48th hours after application. To see the effect on apoptosis and antioxidant pathway; apoptotic protease activating factor, B-cell lymphoma 2, B-cell lymphoma 2 associated X, B-cell lymphoma 2 - XL, Cytochrome C, Cellular inhibitor of apoptosis protein 1, Cellular inhibitor of apoptosis protein 2, Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenas, Caspase 3, Livin, Survivin, p21, p27, p53 and X-linked inhibitor of apoptosis, Catalase, Glutathione peroxidase, Superoxide dismutase 1 and Superoxide dismutase 2 gene expressions were assayed on 24th and 48th hours by using real time PCR.Results: Single and combined application of naringin and salicylic acid decreased cell proliferation at both 24th and 48th hours. Results in 48th hours were more obvious. None of the applications caused an increase in number of cells in any applied dose. In the real time PCR analysis, the expressions of apoptosis inhibitor genes that play a crucial role in antioxidant pathway were increased. The increase was more distinct in the combination of naringin and salicylic acid.Conclusion: In this study, it is found that both salicylic acid and naringin cause a decrease in the number of colon cell culture. As for their combination it also worked well. The increase in apoptotic gene expression was exclusive. It can be said that naringin, salicylic acid and especially their combination can be a promising treatment as a supported option for colon cancer patients in the future
  • Küçük Resim
    Öğe
    Nöroblastom ve astrosit hücre hatlarında naringin ile farklı kemoterapi ajanları arasındaki etkileşimin belirlenmesi
    (Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2017) Türker, Nebiye Pelin; Doğanlar, Zeynep Banu
    Nöroblastom beş yaşın altındaki çocuklarda görülen bir kanser türüdür. Kemoterapi (doksorubisin, sisplatin ve etoposid), cerrahi, radyasyon ve kök hücre transplantasyonuna ek olarak tedavi için kullanılır. Kemoterapötik ajanların yan etkileri nedeniyle, sağlıklı hücrelerin korunması için bazı bitki türevli bileşenler kullanılmaktadır. Naringin turunçgillerde bulunan ve antioksidan, apoptotik, antiinflamatuar özelliklere sahip bir flavonoiddir. Bu çalışmada, naringin ve kemoterapi ajanlarının (doksorubisin ve sisplatin) nöroblastom ve astrosit hücre serilerinde tek ve kombine etkilerinin belirlenmesini amaçladık. Bu amaçla, kombinasyonların sıralı ve aynı anda uygulamalarının apoptotik etkileri görüntü tabanlı sitometre ve apoptoz yolağının gen ekspresyonu ile analiz edilmiştir. Çalışma sonuçlarına göre naringin, nöroblastom hücrelerinde p53, Bax, Cyc-c ve kaspaz-3’ü indükleyerek intrinsik apoptoz yolağını tetiklemiştir. Buna ilaveten, naringinin kemoterapi ajanı ile önce veya sonra uygulanması farklı apoptotik etkilere neden olmuştur. Sonuç olarak, naringinin sisplatinden önce ve doksorubisinden sonra uygulanması nöroblastom hücrelerinde daha fazla apoptozise neden olmuştur. Ayrıca, naringinin ön-uygulaması astrosit hücre serilerinde sisplatin toksisitesine karşı koruyucu etki göstermiştir.