Yazar "Doğanlar, Oğuzhan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 7 / 7
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Blood transcriptional signatures of gallstone pathogenesis in patients with cholelithiasis and choledocholithiasis
    (2022) Albayrak, Doğan; Doğanlar, Oğuzhan; Kahya, Eyüp; Doğan, Ayten; Doğanlar, Zeynep Banu
    Aim: Disease-specific molecular signalling in peripheral blood has the potential to inform on pathophysiological mechanisms of diseases. Here, we aimed to investigate the blood-based gene expression profiles that reflect disease-specific pathogenic mechanisms of gallstones, such as antioxidant defence, heat-shock responses, DNA damage and repair, ABC pump mechanisms, mucin signals, mitochondrial dysfunction and apoptosis in patients with Cholelithiasis (CHL) and Choledocholithiasis (CHDL). Materials and Methods: The relative fold-change in the mRNA expression levels of 73 genes were analysed using a gallstone-related qRT-PCR array in 10 control individuals, 24 CHL patients and 23 CHDL patients. Serum malondialdehyde levels was determined by thiobarbituric-acid reactive substance assays, and 8-hydroxy-2’-deoxyguanosine levels was determined by ELISA assays. Results: Our results showed that peripheral whole blood gene expression profile strongly reflects tissue specific molecular signalling in gallstone pathogenesis. The present findings of altered gene expressions including antioxidant defence (CuZn-SOD, CAT), heat shock protein (HSP70), DNA repair (MLH1 and RAD18), pro-apoptotic (P53, BAX, Cytc and Caspase 3), ABC transporter (ABCB1, ABCC2, and LRP1) and Mucin signals (MUCIN4, MUCIN5AC and MUCIN5B) point out to DNA damages via oxidative stress as well as deteriorating ABC types pump mechanisms and mucin signals in CHL and CHDL patients. Our findings may also suggest that activation of mitophagy activator, DRP1/hFIS1/PINK1 axis induced by oxidative stress and DNA damage may have a role in the pathogenesis of CHL and CHDL. Conclusion: Our results indicate that a blood-based gene expression signature has promising accuracy for monitorize pathogenesis of disease in CHL patients, CHDL patients and unaffected controls.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Combined treatment of cisplatin and 5-Fluorouracil Induces cell death in ARPE-19 cells through the endoplasmic reticulum stress pathway
    (2021) Doğan, Ayten; Doğanlar, Zeynep Banu; Doğanlar, Oğuzhan
    Aim: Cisplatin and 5-Fluorouracil have been used for about 50 years as chemotherapy agents. Combination of these two agents is known as PF therapy and is widely used in the treatment of anal, esophageal cancer, head and neck cancer. One of the problems encountered with antineoplastic agents is the rapid and irreversible side effects on non-target cells and organs. It is common that occourence of ocular toxicity by chemotherapy. Materials and Methods: ARPE-19 cell viability and toxicity were determined by performing (MTT)-based colorimetric assays and IC50 values calculated by probit analyses options of SPSS 20 Software. Acridine orange/Ethidium bromide (AO/EB) fluorescent staining was performed to determine structural changes such as cell blebbing and chromatin condensation during the apoptosis process on cells. Images examined under a fluorescent microscope (Zeiss Axio Vert.A1) at 40X magnification with FITC filter for AO and Tex Red filter. And Real-time PCR was performed with ABI Step One Plus and Quant Studio 5 Real-Time PCR systems.Results: PF treatment within 24 hours and 48 hours caused ER stress due to toxic effect and this induced cell death through apoptosis via death receptor signaling and intrinsic pathway in ARPE-19 cells. Conclusion: PF-induced activation of the ER stress mechanism can be used as a novel therapeutic strategy for the prevention of side effects of non-target cells.
  • Küçük Resim
    Öğe
    The Effect of 5-Fu and Ruxolitinib on Mitochondrial Apoptosis in Glioblastoma U87 Cell Line
    (Trakya Üniversitesi, 2020) Aksu, Gonca; Doğanlar, Oğuzhan; Doğanlar, Zeynep Banu
    Aims: The aim of this study is to carry out the effect of 5-Fluorouracil alone or combined with Ruxolitinib on both apoptosis and JAK/STAT pathway in U87 glioblastoma cells. Methods: We used U87 glioblastoma cell lines as the human brain cancer cells. We treated the cells with 5-Fluorouracil (3.125 ?M-400 ?M) alone and with a combination of Ruxolitinib (100 ?M or 400 ?M of Ruxolitinib with 3.125-25 ?M 5-Fluorouracil), and performed the MTT test for calculating IC50 value. Molecular fluorescence staining was performed with Hoechst and acridine orange/ethidium bromide probes. The alteration in mitochondrial apoptosis and JAK/STAT pathways to drug treatment was analyzed by the qRT-PCR assay. Results: Decrease in cell viability was more prominent in U87 cells treated with a combination of 5-Fluorouracil and Ruxolitinib compared to those treated with 5-Fluoro- uracil alone. In gene expression analysis, apoptosis signals were observed in cells treated with 5-Fluorouracil alone and 5-Fluo- rouracil+Ruxolitinib treatment. Conclusion: Treatment with 5-Fluorouracil alone and 5-Fluorouracil+Ruxolitinib combination increased apoptosis in U87 glioblastoma cells. However, it is difficult to mention an evident difference between treatments. Therefore, further studies are needed.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    FARKLI REKLAM İÇERİĞİNE MARUZ KALAN DENEKLERİN İŞLEVSEL, BİLİŞSEL VE GENETİK YANITLARI ÜZERİNDEN REKLAM ETKİNLİĞİNİN ANALİZİ
    (2020) Akyol, Ayşe; Doğanlar, Oğuzhan; Karadağ, Çetin Hakan; Doğanlar, Zeynep Banu; Akdoğan, Çağatay
    Reklam harcamalarının yıllık yarım trilyon doları aşması, reklam etkinliği konusunda yapılançalışmaların önemini de artırmaktadır. Reklam etkinliği ile ilgili yapılan araştırmalarincelendiğinde kan dokusu ve genetik üzerine bir çalışmanın yapılmadığı görülmekteve bu durum çalışmanın çıkış noktasını oluşturmaktadır. Söz konusu çalışmada reklametkinliği laboratuvar deneylerinden elde edilecek genetik yanıtlar ile değerlendirilerek,moleküler temelli biyolojik bir metodun geliştirilmesi amaçlanmıştır. Pozitif kontrol vedeney gruplarına yaklaşık 80 dakikalık bir film izletilmiş, ayrıca deney gruplarına filmarasında 90 saniyelik bir reklam filmi izletilmiştir. Genetik yanıtlar için katılımcılardanfilm öncesinde ve reklamın gösteriminden 2 saat sonra kan örnekleri alınmış, bu kanlarRibo Nükleik Asit (RNA) izolasyonu yapılarak Complementary Deoksiribo Nükleik Asit(cDNA) elde edilmiştir. Sonrasında her bir katılımcının gen ekspresyon değerleri hesaplanmıştır.Yapılan analizler sonucunda araştırmada kullanılan genlerin, reklamı seyredenve seyretmeyen grupları birbirinden ayırabildiği gibi, iki farklı reklamı seyreden gruplarıda birbirinden ayırabildiği görülmektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    An Investigation on the Anticancer Effect of Spider Web in Human Cervical Cell Line
    (Trakya Üniversitesi, 2019) Özkan, Aslı Nur; Doğanlar, Oğuzhan
    Aims: The aim of this study is to investigate the anti-cancer and anti-proliferative effect of spider web extract, and mitochondrial apoptosis signaling response via gene expression levels belonging to caspase-3 depended apoptosis in both healthy Astrocyte and cancerous HeLa cell lines. Methods: We used HeLa and C8-D1A Astrocyte type I clone cell lines as the human cervical cancer and healthy cell line, respectively. We treated the cells with spider web extract and performed MTT assay. IC50 was calculated by probit analysis. Molecular fluorescence staining and TALI cytometer measurements were also applied. The response of the mitochondrial apoptosis pathway to spider web extract treatment was analyzed by the qRT-PCR assay. Results: The spider web extract administered in different concentrations to the HeLa cell line reduced cell viability at a statistically significant level after 24 hours of application. In the astrocyte cell line, the spider web extract did not cause statistically significant cell death. In the analysis of gene expressions, a strong mitochondrial apoptosis signaling was observed. Conclusion: While spider web extract does not cause any cytotoxic effects on healthy cell lines, it causes a strong fatal effect in cancer cell line. In addition, IC50 dose of the spider web extract is satisfying compared to many other natural products in the market which have anti-cancer effects. Spider web extract causes a programmed cell death by following death signaling pathways
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Meriç Delta Balıklarında Çevre Kirliliğinin Genotoksik Etkileri: Antioksidan Savunma, Isı Şok Protein Sinyali ve DNA Hasar-Onarım Mekanizmaları
    (2020) Tokatlı, Cem; Doğanlar, Oğuzhan; Doğanlar, Zeynep Banu
    Çalışmamızda, Gala ve Sığırcı Gölleri için ekonomik açıdan önemli olan balıktürleri (Carassius gibelio (Bloch, 1782), Carassius carassius (Linnaeus, 1758),Scardinius erythrophthalmus (Linnaeus, 1758), Cyprinus carpio Linnaeus, 1758,Sander lucioperca (Linnaeus, 1758), Perca fluviatilis Linnaeus, 1758) üzerindekirliliğin etkileri araştırılmıştır. Kirliliğin genotoksik etkileri, kas, solungaç vekaraciğer dokularında antioksidan savunma sinyali (GS, Cu-Zn SOD, CAT), ısışok proteinleri (HSP26, HSP60, HSP70 ve HSP83) ve QRT-PCR testi ile DNAonarımı (SMUG1) metotları kullanılarak incelenmiştir. Ayrıca, RAPD analizikullanılarak balık dokularındaki DNA hasarları belirlenmiştir. Bant değişimleri,özellikle tüm balıkların solungaç dokularında açıkça tespit edilmiştir. Ayrıca,C. gibellio, S. erythrophthalmus ve S. lucioperca'nın kas dokusunda CuZnSOD'unnispi ekspresyonunda önemli bir artış gösterdiği tespit edilmiştir. CATekspresyonu tüm balık dokularında önemli ölçüde değişiklik sergilemiştir.Bununla birlikte, CAT 128,9, 102,1 ve 138,4 fg/ug total RNA'nın ekspresyonseviyesindeki en yüksek artış, S. lucioperca'nın kas, karaciğer ve solungaçdokularında belirlenmiştir. HSP60 ve HSP70 çevre kirliliğinden en azetkilenirken, S. lucioperca'nın karaciğer dokusunda en büyük DNA onarımaktivitesi açık şekilde gözlenmiştir. Çalışmamızın sonucunda, Gala ve SığırcıGöllerindeki çevre kirliliğinin DNA stabilitesi ve savunma sinyallerinin genifadeleri üzerinde genotoksik etkileri olduğu ortaya konulmuştur. Ayrıca,S. lucioperca türünün, su kirliliğinin biyolojik olarak izlenmesinde biyoindikatörbir tür olarak kullanılabileceği sonucuna varılmıştır.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Prostat Kanser Kök Hücrelerinin Apoptozu, Proliferasyonu ve Anti-neoplastik Tedavilerinde Midkin Büyüme Faktörünün Etkinliğinin Araştırılması
    (2018) Erdoğan, Suat; Öktem, Gülperi; Doğanlar, Oğuzhan; Dıbırdık, Ilker; Bilir, Ayhan; Doğanlar, Zeynep Banu
    Prostat kanseri (PCa), özellikle gelişmiş ülkelerde erkeklerde yaygın görülen malignitedir ve kanserle ilişkili mortalitenin ikinci en sık nedenini oluşturur. Bu çalışmada midkin (MK) büyüme faktörünün PCa ve bunların kanser kök hücrelerinin (KKH) sağkalımı ve migrasyonuna etkinliği, kemoterapi ilaç tedavisine yanıtları ve seçilmiş doğal flavonoid bileşiklerin kemoterapi ilaçları ile kombinasyonlarının anti-kanser potansiyeli analiz edildi. Kanser kök hücreleri manyetik aktive edilmiş hücre izolasyon sistemi ile androjen-dirençli PC3 ve androjen-duyarlı LNCaP hücrelerinden ayrıştırıldı. Midkin proteinin rolü MK-spesifik siRNA transfeksiyonu ile mRNA sessizleştirilen (knock down) hücrelerde belirlendi. Hücrelere tedavi amaçlı farklı konsantrasyon ve sürelerde MK siRNA, enzalutamid, dozetaksel ve flavonoidler ayrı ayrı ve bunların formülasyonları kullanıldı. Analizlerde hücrelerin sağkalımı MTT testi, apoptoz ve hücre siklusu fazları sitometrik, protein modifikasyonları Western blot, mRNA ifade analizleri RT-qPCR, migrasyon ise yara iyileşmesi ve transwel deneyleri ile incelendi. Apoptozun hücresel düzeyde analizinde Hoechst boyası kullanıldı, tedavi sonrası hücrelerin ultrastruktürel değişimleri geçirimli elektron mikroskopisi ile değerlendirildi. Midkinin sessizleştirilmesi PC3, LNCAP ve bunlardan izole edilen kanser kök hücrelerinde hücre sağkalımını % 20 ? 25 düzeyinde azalttı ve hücre migrasyonunu baskıladı. Kullanılan dört farklı flavonoid bileşikten apigenin düşük konsantrasyonları ve kuersetin hücrelerde apoptozu uyarırken hücre döngüsünü G1 fazında tutarak proliferasyonu ve hücre migrasyonunu baskıladı. Midkin protein ifadesinin inhibisyonu ile birlikte uygulanan kemoterapi, tedavi gücünü belirgin düzeyde güçlendirdi ve hücre migrasyonunu inhibe etti. Bu tedaviye flavonoid eklenmesi androjen-duyarlı hücrelerde sitotoksik etkiyi önemli düzeyde yükseltti. Birleşik tedavi PI3K, AKT ve ERK1/2'nin fosforilasyonunu inhibe etti ve p38, ABCG2 ve NF-?B'nin protein ifadesini azalttı. Elde edilen verilere göre, MK, PCa ve KKH'lerin proliferasyonunda önemli rol oynamaktadır. Kemoterapi yanısıra flavonoid kullanımı ve midkin aracılı tedavi hastalığın relapsı, hücre göçü ve ilaç direncinde rol oynayan kanser kök hücrelerinin hedeflenmesinde önemli bir stratejiyi oluşturabilir.