Yazar "Atalay, Sertaç" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 6 / 6
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Boz Irk Sığırın Et Gevrekliğini Belirlemede CAST ve CAPN1 Genlerindeki Kimi SNP'lerin Kullanımı
    (2018) Kök, Süleyman; Atalay, Sertaç
    Bu çalışmanın amaçı saf Boz ırk sığırın (TGC) kimi genotipik özellikleri ile et gevreklik özelliği arasındaki ilişkiyi araştırmaktır. Kesim sonrası sığır etlerinde artan kalsiyum aktivitesi ile et gevrekliği arasında doğrusal bir ilişki vardır. Kalpastatin (CAST), memeli dokularında bulunan kalpain'in (CAPN1) nötr bir proteaz inhibitörüdür. Sığır CAST ve CAPN1 genlerinde üç polimorfik yer (UoG-CAST, CAPN1 316 ve 4751) et kalite markörü olarak bilinir. Saf TGC'ın longissimus dorsi (LD) kası gevreklik özellikleri ile 3 et kalite markörünün ilişkileri araştırılıp tartışılmıştır. Genotipleri tanımlamada PCR-RFLP ve ARMS-PCR metotları kullanılmıştır. Etin su tutma kapasitesi (WHC), pişme kaybı (CL) ve tekstürünü (SF) belirlemek için LD kası örnekleri üzerinde çalışılmıştır. Extansif koşullarda yetiştirilen iki yaşındaki TGC sığırların SF ortalama ve standart hataları düveler de 4.339±0.217 kg/cm2, erkekler de 4.689±0.569 kg/cm2 olduğu saptanmıştır. Çalışılan et örneklerinde UoG-CAST (C/G), CAPN1 316 (C/G) ve CAPN1 4751(C/T) polimorfizmlerinin her iki alleli de gözlenmiştir. Et gevrekliği üzerine olumlu etkisi olan genotiplerin, kas liflerini kesmek için ortalama CAST-CC için 3.943±0.441 kg/cm2, CAPN1 4751-CC için 4.537±1.666 kg/cm2 ve CAPN1 316-GC için 3.869±0.721 kg/cm2 SF uygulanmıştır. Örneklerde CAPN1 316-CC genotipinde sığır belirlenmemiştir. Dişi ve erkek sığırlara ait tüm örneklerin dahil olduğu WHC, CL ve SF ortalama ve standart hata değerleri sırasıyla; %11.693±0.761, %26.952±0.636 ve 4.483±0.252 kg/cm2 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, safkan TGC da et gevrekliğine özgü SNP markörlerin genetik çeşitliliğin olması, daha gevrek etli TGC sığır yetiştirme sürecine katkıda bulunabilir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Bozırk sığırların ghrelin geninde rs110968631 TNP’ni belirlemede Arms_Pcr ve Pcr-Rflp metotlarının kullanımı
    (Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2015) Atalay, Sertaç; Kök, Süleyman
    Ghrelin, hayvanlarda yem tüketimi ve büyüme hormonu salgılanmasını uyaran önemli bir hormondur. Sığırlarda, karkas kompozisyonu, süt verimi ve yemden yararlanma ile olumlu ilişkisi vardır. Plazmadaki aktif ghrelin (açil ghrelin) konsantrasyonun, sığır ırkları arasında farklı olması, GHRL (ghrelin) genindeki varyasyonların aktif ghrelin konsantrasyonu ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Ghrelin genindeki polimorfizmlerin tespit edilerek, kantitatif özellikler ile ilişkisinin kurulması seleksiyon çalışmaları yönünden önemlidir. Çalışmada, GHRL geninin 4. intronunda bulunan, rs110968631 C>T tek nükleotid polimorfizmini (TNP) tespit etmek amacıyla, Amplifikasyon Refrakter Mutasyon Sistem-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (ARMS-PCR) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restiriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (PCR-RFLP) metotları tasarlanmıştır. Çalışmada, 75 Bozırk sığır örneğini, ARMS-PCR metodu ile çalıştıktan sonra, her genotipi içeren rastgele seçilmiş 20 örnekte PCR-RFLP metodu ile sonuçların doğrulamasını yaptık. Tasarlamış olduğumuz metotların güvenirliğini test ettiğimiz bu çalışma sonucunda, her iki metot ile de aynı sonuçlara ulaşılmıştır. Çalışma sonucunda, Bozırk sığırlarda rs110968631 C>T polimorfizmi yönünden 3 genotipide (CC, CT, TT) tespit edildi. CC, CT, TT genotipindeki birey sayısı sırasıyla; 1, 9 ve 65 olarak tespit edildi. Allel frekansları ise, C ve T allelleri için sırasıyla; 0,073, 0,927 olarak tahmin edilmiştir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Determination of ATP1A1 Gene Polymorphism in the Turkish Holstein Cattle
    (2022) Atalay, Sertaç; Kök, Süleyman
    Heat stress is an important factor negatively affecting the productive characteristics, immune response and reproductive performance of livestock. Sustainable livestock systems that can tolerate the impact of increasing environmental temperature are very important to ensure global food security. Oxidative stress triggered by heat stress influences plasma Na and K levels in cattle. The ATP1A1 gene encodes the ?1 isoform that forms the transmembrane subunit of the NA,K ATPase enzyme. The ? subunit plays a major role in maintaining sodium-potassium homeostasis in all animal cells. The aim of the study was to determine ATP1A1 gene polymorphisms in Turkish Holstein cattle. The target regions (intron 17 and exon 18) were amplified and sequenced in 50 Turkish Holstein cattle. Multiple alignments revealed three SNP. rs109703332 A>G and rs110455455 C>T were detected in intron 17 and a synonymous SNP rs110256520 C>A in exon 18. It was observed that the three SNPs were in strong linkage disequilibrium (LD) with each other and therefore had the same genotype and allele frequencies. The three SNPs were found to be highly linked in one haplotype block. This haplotype block consisted of 2 haplotypes (CCA and ATG). The frequency of the CCA haplotype was 0.860 and the ATG was 0.140. Individuals of Holstein cattle tolerate heat stress to different levels. This difference between individuals may be due to variations in the genes involved in the adaptation mechanism. Therefore, it is important to identify polymorphisms in genes involved in the heat stress tolerance mechanism. In conclusion, in this study, the three SNPs and the two haplotypes were determined on the ATP1A1 gene in Turkish Holsteins cattle.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Determination of the Fraud of Processed Meat Products by ELISA
    (2018) Kök, Süleyman; Atalay, Sertaç
    Determination of meat origin is important for consumer rights, religious beliefs and national laws. Nowadays,people demand reliable information about the food they consume. The consumer’s choice is greatly influenced by thefood composition detailed in labeling. In the case of processed meat products, this is going to be especially importantbecause fraud cannot be visually assayed understood. Consumers cannot take measures except to trust the label information on the product. Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA) is widely used technique for in detecting meatproduct authenticity because of its specificity, simplicity and sensitivity. 155 fast food samples (77 toasts, 38 hamburgers and 40 pizzas) sold as 100% beef products collected randomly from fast food restaurants in İstanbul, Tekirdağ andEdirne were analyzed by using ELISA. Fraudulent meat products were found in 53 (34.2%) of 155 fast food samples.Although it was detected horse-meat in two toasts, no pork was detected in samples.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Sığırlarda Kalpain ve Kalpastatin Gen Polimorfizmlerinin Et Tekstürünün İyileştirilmesi Çalışmalarında Kullanımı
    (2019) Kök, Süleyman; Atalay, Sertaç; Vapur, Güldan; Soysal, M. İhsan
    Son yıllarda, tüketici tercihleri doğrultusunda et tekstürünün iyileştirilmesi konusuna ilgi artmış ve özellikte etçisığır ırklarında bu özelliğini iyileştirilmesine yönelik çalışmalar yapılmıştır. Etin gevrekliğinden üç enzim; ?- kalpain (CAPN1) ve m-kalpain (CAPN2) ile bunların inhibitörü olan kalpastatin (CAST) sorumludur. Yapılan çok sayıdaçalışmada, kalpain-kalpastatin sisteminin normal iskelet kası gelişimi için önemli olduğu ve CAST ile CAPN1 lokuslarındaki bazı SNP’lerin et tekstürü ile ilişkili olduğu bildirilmiştir. Çalışmaların çoğunda, CAST ve CAPN1 genpolimorfizmleri ile musculus longissimus dorsi (MLD) kasının Warner Bratzler Shear Force (WBSF) tekstür bıçağınınkesme direnci arasında bir ilişkinin olduğu belirlenmiştir. Et sığırcılığında, kalpain geni (CAPN1 316, CAPN1 530 ileCAPN1 4751) ve kalpastatin geni (UoG-CAST, CAST-T1) ile bu genlerdeki varyantlar et tekstürü için aday gen olarakkabul edilmektedir. Sığır eti kalite özelliklerinin erken yaşta belirlenmesi için bu SNP’ler önemli bir fırsat sağlamaktadır. Genetik markır teknolojisinin, çiftlik hayvanlarının genetik gelişimi için gelecek vaad eden umut verici bir araçolduğu düşünülmektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Türkiye'de üretilen hizmet köpeklerinde kalça displazisi ile ilişkili genetik markırların araştırılması
    (Trakya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, 2020) Atalay, Sertaç; Kök, Süleyman
    Gelişimsel ortopedik bir hastalık olan kalça displazisi, kalıtsal ve çevresel faktörlerin etkisi ile meydana gelir. Hem insanlarda hem de köpeklerde yaygın olarak görülmesine rağmen hastalığın genetik arka planı aydınlatılamamıştır. Köpek kalça displazisine (KKD) karşı, fenotipe dayanan seleksiyon programları uzun yıllarca uygulanmış olsa da istenilen başarı elde edilememiştir. Günümüzde, kalça displazisini erken teşhis edebilecek bir DNA testi geliştirmek için, hastalığa neden olan genetik lokuslar tespit edilmeye çalışılmaktadır. Bu araştırmada, KKD hastalığın gelişimi ile ilişkili olabilecek genetik varyasyonları tespit etmek için, bir vaka kontrol çalışması tasarlanmıştır. Türkiye’de hizmet köpeği olarak yetiştirilen, 53 adet Labrador Retriever (17 vaka, 36 kontrol), 63 adet Belçika Malinois (14 vaka, 49 kontrol) ve 56 adet Alman Çoban Köpeği (24 vaka ve 32 kontrol) araştırma kapsamına dahil edilmiştir. Moleküler genetik analizler yapılmak üzere, KKD hastalığının gelişimi ile ilişkili olabilecek 5 gen belirlenmiştir (CX3CR1, CHST3, OSTF1, IBSP, FGF12). Seçilen bu genlerden, CX3CR1 geninin 2. ekson ve 3' UTR bölgeleri DNA dizi analizi metodu ile araştırılarak varyasyonlar tespit edilmiştir. Diğer genler üzerinde ise, KKD gelişimi ile ilişkili olduğu, daha önce farklı araştırmacılar tarafından rapor edilmiş olan 5 adet TNP (CHST3 geni 5? UTR’de rs24076746 ve 3? UTR’de rs24105396, OSFT1 geni 4. intronda rs8995004, IBSP geni 3. intronda rs23759713 ve FGF12 geni 3. intronda rs851690466) RFLP metodu ile araştırılmıştır. Haplotiplerin belirlenmesi, miRNA bağlanma bölgelerinin tespit edilmesi ve TNP-TNP etkileşimlerinin KKD hastalığının gelişimi üzerine etkileri, biyoinformatik metotlar ile araştırılmıştır. Ki-kare değerleri, olabilirlik oranı (OR) ve %95 güven aralığı (GA) lojistik regresyon analizi ile hesaplanmıştır. CX3CR1 geninin 2. ekson bölgesinde varyasyon bulunamamıştır, 3' UTR bölgesinde ise 8 varyasyon (6 TNP, 1 insersiyon, 1 delesyon) tespit edilmiştir. Yapılan istatistiksel değerlendirmeler sonucunda, rs9022770 G>A ve rs9022769 G>A TNP’lerinin Belçika Malinois ırkı köpeklerde KKD gelişimi ile ilişkili (p<0,05) olduğu görülmüştür. Diğer iki köpek ırkında ise bireysel olarak varyasyonlar ile hastalık arasında istatistiki olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Belçika Malinois ırkı köpeklerde, rs9022770 G>A TNP’si için A allelinin, p=0,002 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=13,091, %95 GA=2,474-69,264) belirlenmiştir. rs9022769 G>A TNP’si için ise G allelinin p=0,011 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=3,333, %95 GA=1,279-8,688) hesaplanmıştır. CX3CR1 rs9022769/rs852431030 TNP’lerinin oluşturduğu GT haplotipinin, p=0,022 anlamlılık düzeyinde patojen haplotip olduğu (OR=6,222, %95 GA=1,280-30,243) belirlenmiştir. Araştırılan diğer köpek ırklarında, oluşan haplotipler ile KKD gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir. Önceki araştırmacıların, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu rapor ettikleri 5 TNP’den sadece bir tanesi, IBSP geni 3. introndaki rs23759713 C>T TNP’si, Alman Çoban Köpeklerinde KKD gelişimi ile ilişkili bulunarak desteklenmiştir. rs23759713-T allelinin p=0,026 anlamlılık düzeyinde koruyucu allel olduğu (OR=0,207, %95 GA=0,048-0,891) belirlenmiştir. Diğer 4 TNP’nin (rs24076746, rs24105396, rs8995004, rs851690466) KKD gelişimi ile ilişkisi bulunamamıştır. Araştırmamız sonucunda, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu bulduğumuz CX3CR1 geninin 3' UTR polimorfizmlerinin (rs9022770, rs9022769), farklı köpek popülasyonlarında da çalışılıp doğrulandıktan sonra, KKD hastalığına karşı uygulanacak markör destekli seleksiyon (MAS) programlarına katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. IBSP geni 3. intronundaki rs23759713 TNP’sinin ise KKD gelişimi ile ilişkisi çalışmamızda da desteklenmiştir. Araştırmamız, hem KKD hastalığın genetik arka planını aydınlatmak için, hem de MAS çalışmaları için faydalı olabilecek veriler sunmaktadır.